Ya existía constancia del edificio original del molino harinero en el siglo XII, aunque, se cree que es de origen árabe. El edificio actual fue construido por el Concejo de Alarcón a finales del siglo XVI o principios del XVII. Su explotación era subastada entre los vecinos, sin embargo, la familia Villanueva mantuvo su concesión hasta la desamortización. A principios del siglo XX perdió su uso original y pasó a formar parte de la central hidroeléctrica como alojamiento de su encargado.
Se aprovechó la existencia de pequeñas presas en los molinos harineros a ambos lados del río para construir un azud de mayor tamaño. En la actualidad se conserva un pequeño tramo de esta infraestructura, en la que destacan las compuertas, formadas por dos arcos, utilizadas para regular el nivel del agua. Cuando la central dejó de funcionar, después de la construcción de la nueva central en 1955, el edificio quedó abandonado y la presa se perdió rápidamente, ya que se trataba de una red de palos de madera entrelazados, cubiertos por argamasa. Se trataba de una infraestructura única en el Júcar.
En el año 2013 el Ayuntamiento compró a la empresa Iberdrola el edificio y, años después, se realizaron trabajos de restauración, centrándose en la techumbre de madera que se encontraba muy deteriorada.